Durante décadas el equipo de Los Andes fue conocido como Transandino; a comienzos de los ‘70 su nombre perdió esa “N” extra por un asunto de evolución lingüística. El club fue fundado precisamente por trabajadores del "Ferrocarril Transandino Los Andes-Mendoza" en 1906. El equipo formó parte de los intentos de los ingleses por masificar el fútbol en Chile, siendo uno de los clubes pioneros en llevar a la práctica este deporte en la Quinta Región interior.Trasandino comenzó a participar en la Segunda División chilena, de la cual es uno de sus fundadores. En 1961 el club terminó el torneo del ascenso en el tercer lugar y ascendía por derecho propio. Pero la Asociación Central de Fútbol decidió que fuera Magallanes el ascendido a pesar que los 'carabeleros' habían ocupado solo en sexto puesto. En 1963 alcanzó el subcampeonato de la Segunda División, pero no asciende ya que en ese año solo subió a Primera División el campeón, en esa ocasión, Green Cross.
En 1969, luego de una paupérrima campaña en el ascenso, terminan últimos y retornan a su asociación de origen.
En el año 1972 y 1973, jugaron invitados en el Regional Central y el año 1974 vuelven a jugar en la Segunda División. Logran finalmente subir a Primera División en el torneo de 1982.En su primer año en la división de honor, Trasandino realizó una buena campaña terminando en el séptimo lugar de diez integrantes del grupo de la zona norte. Desafortunadamente, a inicios de 1986, luego de finalizar último en su grupo en la edición de 1986 de la Copa Chile y de acuerdo a las reglas del torneo, el club cayó nuevamente a la segunda categoría.
Tras cinco temporadas en la Segunda División Profesional, que incluyen un subcampeonato en la temporada de debut el 2013, el conjunto del 'cóndor' terminó en la última posición del campeonato 2016-17, lo que llevó a su retorno al fútbol amateur para la temporada 2018.