El club Regional Atacama fue fundado el 9 de marzo de 1979 con motivo de la invitación que la Asociación Central de Fútbol hiciera a los equipos de la Región de Atacama a participar en el fútbol profesional chileno, no obstante, sus orígenes están en el Club Comercial Atacama. Debutó en la Segunda División el 20 de abril de 1980 ante Cobresal, el otro cuadro invitado de la región. En 1981, tras una campaña notable en el campeonato de Segunda Division, logra clasificar a la división de honor del fútbol chileno derrotando como local por 3-1 a Aviación en la penúltima fecha del campeonato, consolidándose en el tercer puesto de la tabla general.
El club comienza su viaje por la Primera División en el año 1982 con la disputa de la "Copa Polla Gol" la cual se jugó como apertura de la temporada. No tuvo un desempeño destacado y finalizó cuarto en su grupo. En el año 1984 se disputa un nuevo torneo de Primera División en el cual el desempeño del equipo fue paupérrimo, consiguiendo la penosa cantidad de 3 triunfos en 26 fechas, lo que condenó al cuadro de la región de Atacama a bajar a Segunda.
El club se despidió del profesionalismo el 29 de noviembre de 1998, jugando ante Cobresal, el mismo rival que enfrentó en su debut profesional, perdiendo por 3 a 1. Luego de esto el club se declara en quiebra, dejando una huella imborrable en el corazón de los fanáticos del deporte rey en la región de Atacama.