El club fue fundado por alumnos del colegio marista Instituto O'Higgins de Rancagua el 21 de mayo 1925, siendo uno de los creadores de la Segunda División en 1952.Su mejor campaña se registra en el campeonato de la Segunda División de 1953, al posicionarse en el tercer lugar, por debajo de su archirrival América.
Finalmente, en 1954, Instituto O'Higgins decidió unirse con el equipo de fútbol de la Braden Copper Company para fundar a O'Higgins Braden, ganador del torneo de ese año y antecesor del Club Deportivo O'Higgins.